$config['path']['root']['url'] = 'http://vshemarov.myjino.ru/alto/';
$config['path']['root']['dir'] = ALTO_DIR . '/';

$config['path']['offset_request_url'] = '1';

$config['path']['runtime']['url'] = '/alto/_run/';
$config['path']['runtime']['dir'] = '/home/users/v/vshemarov/domains/vshemarov.myjino.ru/alto/_run/';

все, что нужно — это проверить наличие папок и права на них

AddDefaultCharset UTF-8
Options -Indexes
RewriteEngine On

# Rule for redirect from www.sitecom to site.com
# If you want to turn on this rule then delete symbol # in two next lines
#RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.(.*)$ [NC]
#RewriteRule ^(.*)$ http://%1/$1 [R=301,L]

#RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !favicon\.ico
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ ./index.php
# Alternative rule
#RewriteRule ^(.*)$ /index.php

# Deny access
<Files "plugins.dat">
    order allow,deny
    deny from all
</Files>
<Files "plugin.xml">
    order allow,deny
    deny from all
</Files>
<Files ~ "\.tpl$">
    Order allow,deny
    Deny from all
</Files>

<IfModule headers_module>
    <FilesMatch "\.gz\.css$">
        ForceType "text/css"
        Header set Content-Encoding: gzip
        # сервер автоматически пытается сжать уже пожатый css-файл.
        # Из-за этого файл не может корректно обработаться браузером.
        # Отключаем отдачу ответа в gzip
        SetEnv no-gzip 1
    </FilesMatch>
    <FilesMatch "\.gz\.js$">
        ForceType "text/javascript"
        Header set Content-Encoding: gzip
    </FilesMatch>
</IfModule>